Trong cuộc kháng chiến chống Mỹ đầy gian lao và thách thức với những thương tổn nặng nề về con người, về cơ sở vật chất, nhưng với ý chí quật cường, dũng cảm, lòng câm thù giặc sâu sắc, cán bộ đảng viên, du kích và nhân dân xã Mỹ Thọ đã anh dũng, kiên cường bám trụ và chiến đấu, giành lấy, bảo vệ từng tất đất. Du kích xã Mỹ Thọ đã đi đầu toàn huyện cải tiến pháo lép của địch, gài các nơi để tiêu diệt quân Mỹ, phá hỏng máy bay lên thẳng của Mỹ, lần lượt làm thất bại nhiều chiến dịch của Mỹ.
Mùa xuân năm 1972, cùng với sự nổi dậy nhiều nơi trong huyện, hàng ngàn đồng bào các thôn của xã Mỹ Thọ đã nổi dậy bao vây Gò Mang, đến ngày 26.4.1972, xã Mỹ Thọ được hoàn toàn giải phóng và là địa phương giải phóng sớm của huyện Phù Mỹ. Kết thúc chiến tranh, toàn xã có 664 liệt sỹ, 850 thương binh, 1.500 gia đình có công với cách mạng, Nhân dân và LLVT xã Mỹ Thọ được Chủ tịch nước phong tặng danh hiệu anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân.
Phát huy truyền thống cách mạng của cha ông, ngay sau ngày giải phóng, Đảng bộ, chính quyền và Nhân dân dã Mỹ Thọ đã từng bước khắc phục hậu quả chiến tranh, tập trung huy động các nguồn lực xây dựng hạ tầng, phát triển kinh tế- xã hội địa phương, đưa đời sống vật chất, tinh thần của nhân dân ngày càng được nâng lên. Đến năm 2021, thu nhập bình quân đầu người đạt 46,5 triệu đồng/người/ năm, xã Mỹ Thọ được công nhận đạt chuẩn NTM vào năm 2019 và đang trong tiến trình xây dựng xã đạt chuẩn NTM nâng cao.